La ciudad se encuentra asentada en un valle sedimentario centro de una rica zona agrícola con abundantes corrientes subterráneas de aguas termales de unos 37°C.
Rodean al valle de San Juan las serranías de La Llave (2.450 msnm) de Xajay (2.750 msnm) de escolásticas (2.800 msnm) y Jingó (2.500 msnm).
El río San Juan, cuyas fuentes se localizan en el estado de México, es la principal corriente del municipio y del estado. Dicho río, al salir del municipio de Tequisquiapan, ya con el nombre de Moctezuma forma el límite natural entre los estados de Querétaro e Hidalgo y desemboca ya como Río Pánuco en el Golfo de México en el puerto de Tampico.
Colinda al norte con el municipio de Tequisquiapan, al sur con el municipio de Amealco y con el estado de México, al este con el estado de Hidalgo, y al oeste con el municipio de Pedro Escobedo.
Es la puerta de entrada al estado de Querétaro desde la ciudad de México por la autopista 54 TLC, geográficamente ubicado al centro de la República Mexicana, a una distancia de 52 Km de la capital del estado de Querétaro.
Dirección Oriente 2 # 10, Nuevo Parque Industrial, San Juan del Río, Qro.
Tels: 01 (427) 271-9070 Ext. 11011 
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