Pasa por la ciudad la autopista No. 57 México-Querétaro-San Luis Potosí-Piedras Negras, Columna vertebral de la red vial hacia el norte del país. Además de ésta, el municipio está comunicado por una amplia red de carreteras federales y estatales asafaltadas (150 km) y locales asfaltadas, empedradas o terracería (150 km) transitables en cualquier época del año.

Además pasan por el municipio las vías férreas México-Laredo (doble vía electrificada), la México-Cd. Juárez, un ramal que enlaza las dos vías conectando San Juan del Río con la estación de San Nicolás y un ramal de uso local haciendo un total de 140 km. de ferrocarriles dentro del municipio.

Hay servicio telefónico residencial en la cabecera y en las 15 principales poblaciones del municipio y teléfono público en el resto de las localidades con un número aproximado de 25.000 líneas.

Todas las distancias son con referencia al Municipio de San Juan del Río, Qro.

El municipio tiene una superficie de 769.69 km2 que representa el 31.85% del área de la región. El el habitan más de 200 mil habitantes, de los cuales el 74% habitan en la zona urbana y el 26% restante en la zona rural.

La ciudad se encuentra asentada en un valle sedimentario centro de una rica zona agrícola con abundantes corrientes subterráneas de aguas termales de unos 37°C.

Rodean al valle de San Juan las serranías de La Llave (2.450 msnm) de Xajay (2.750 msnm) de escolásticas (2.800 msnm) y Jingó (2.500 msnm).

El río San Juan, cuyas fuentes se localizan en el estado de México, es la principal corriente del municipio y del estado. Dicho río, al salir del municipio de Tequisquiapan, ya con el nombre de Moctezuma forma el límite natural entre los estados de Querétaro e Hidalgo y desemboca ya como Río Pánuco en el Golfo de México en el puerto de Tampico.

Toponimia

San Juan del Río fue denominado de esta manera por razón de que sus fundadores llegaron al lugar el día 24 de junio “día de San Juan” asentadose a las orillas de un caudaloso río.